Đứng đầu Bộ Môi trường là Bộ trưởng. Giúp việc cho Bộ trưởng ngoài Thư ký Bộ trưởng còn có các thứ trưởng, ban thư ký, các cục, văn phòng đại diện và viện nghiên cứu trực thuộc Bộ:[5]

• Thứ trưởng cao cấp
• Thư ký Quốc hội
• Thứ trưởng hành chính
• Thứ trưởng phụ trách các vấn đề về Môi trường toàn cầu
• Ban thư ký Bộ trưởng
• Cục Chính sách Môi trường
• Cục Môi trường Toàn cầu
• Cục Quản lý Môi trường
• Cục Bảo tồn Thiên nhiên
• Viện Đào tạo và Nghiên cứu Môi trường Quốc gia
• Văn phòng Môi trường khu vực (7 văn phòng)